Du 5e au 15e s. Java est le centre des royaumes indianisés. Du 7e au 10e s., les royaumes de Java Central sont encore parfaitement illustrés aujourd'hui par les temples de Borobudur et Prambanan. Du 7e au 14e s. le grand royaume de Sriwijaya rayonne depuis Sumatra. Du 10e au 15e s., le royaume de Mojopahit, à Java Est, étend son hégémonie sur tout l'archipel.
Du 13e au 17e s., on assiste au développement de l'islamisation et l'arrivée des Européens.Les Portugais prennent Malaccaen 1511, puis les Hollandais commencent le commerce des épices en 1596. Les Hollandais établissent un Etat colonial, les Indes néérlandaises, en 1816.Java devient le centrederévoltes pour l'indépendance dont celle du prince Diponegoro.
La région est un lieu important de la bataille du Pacifique entre les Alliés et les Japonais durant la Seconde Guerre mondiale. La République d'Indonésie est proclamée par Soekarno le 17 août 1945.
